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2018/07/31:第296号 プログラム再現性の動向:Code Ocean
 

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 2016年に刊行されたNature誌に,同誌が実施した研究の再現性に関するオンライン・アンケートの結果が掲載されている。それによると,回答した1,576人のうち70%以上が他の科学者の実験結果を再現しようとして失敗した経験があり,自身の実験の再現でも半数以上が失敗経験があったという。

 

 学術論文に文章で記載された実験系は,テキストとして伝達される情報量の少なさが主因となり再現が難しいことが多いが,その解決を図る取り組みの中でJoVEのようなビデオジャーナルが登場し,動画論文によりプロトコルの共有が実現されるケースが増えてきた。

 

 2017年2月にサービスを開始したCode Oceanは,論文に記載されたプログラム(コード)に着目した,コードの発見・共有・再利用のためのクラウドベースのプラットフォームだ。今日の研究成果には,コードや利用統計,アルゴリズムが含まれることが増えている。 自分の研究に有用なコードを従来の文献探索手法で発見したり,そのコードの再現のために,対応するハードウェア,OS,必要なソフトウェアをインストールし動作環境を構築し,さらに動作に問題があった場合のデバック対応などの一連の作業のために費やす時間と労力は研究活動の中で大きな負担となる。このような状況が,Code Ocean誕生の契機になっている。

 

 Code Oceanは無料公開されていて,そこに収録されたコードやデータの閲覧とダウンロードは誰もが無料でできる。また,ログインすればCode OceanのプラットフォームのCPU(またはGPU)上でコードを実行することができる。読者側が動作環境を用意する必要がなくなる。
 Code Oceanではコード・データ・その概要を記載したメタデータ・動作環境を一つのセットとしてCompute Capsule(コンピュート・カプセル)と呼称している。このコンピュート・カプセルをCode Oceanに登録するとDOIが付与され,発見性,アクセス性が向上するとともに引用も簡便になる。また,Code Ocean側での動作確認工程があり再現性が担保される。

 

 現在,IEEE,Taylor & Francis,Cambridge University Press,SPIE,F1000Research,AACRなどの出版社がCode Oceanと提携していて,著者に論文投稿の際のコード・データのリポジトリとして推奨している。PDF論文では補助資料扱いだったコードとデータだが,HTML版ではウイジェットとしてコンピュート・カプセルを論文中に埋め込むことができる。読者はそのウイジェット内でコードを実行することができ,パラメーターやコードを変更し結果がどのように変わるか試すこともできる。その場合でもコンピュート・カプセルはオリジナルの状態で保持される。

 

 Code Oceanはフリーミアムモデルを採用していて,ログインアカウントは無料で入手でき,月1時間までのプログラム実行と5GBのストレージを使うことができる。その範囲を超え利用する場合は,個人,グループ,法人別に課金プログラムが用意されている。

 

 Code Oceanのようなコードの実行可能なリポジトリの動向を注視しつつ,このようなサービスが普及することで多くの研究者に認知・活用され,プログラムの再現や再利用にかかる手間が軽減されることで研究活動の効率化が図られることを期待したい。

 

 

・Nature誌の記事
 1,500 scientists lift the lid on reproducibility
 https://doi.org/10.1038/533452a

 

・上記の記事のNatureダイジェスト版
 「再現性の危機」はあるか?-調査結果-
 https://doi.org/10.1038/ndigest.2016.160822

 

・Journal of Visualized Experiments (JoVE)
 http://www.usaco.co.jp/itemview/template44_1_673.html

 

・Code Ocean
 https://codeocean.com/

 

クラリベイト・アナリティクス:JCR 2018年版をリリース Share (facebook)

 クラリベイト・アナリティクスは,ジャーナル評価分析ツール「Journal Citation Reports」(以下,JCR)の2018年版をリリースしました。

 

JCR 2018年版の特徴は以下の通りです。
・ランディングページが更新され,シンプルになりました。
・各ジャーナルのページから詳細な情報にアクセス可能になりました。
・80カ国から234 分野,11,655誌を収録。
・276誌が初めてジャーナル・インパクトファクター(以下,JIF)を取得
・20誌を,JCRの整合性を確保するために除外(自己引用による除外が14誌,相互引用による除外が6誌)。
※除外されたジャーナルは,JCRへの再収録のために毎年再評価されます。
・JCRに含まれる6,400万以上の引用データから,約1,000万の引用データがJIFの計算に使用されます。

 

また,国内ジャーナルでは下記6誌に新たにJIFが付与されました。
・Acta Phytotaxonomica et Geobotanica
・BioPsychoSocial Medicine
・Current Herpetology
・Journal of Fiber Science and Technology
・Plankton & Benthos Research
・Progress in Earth and Planetary Science

 

詳細は弊社までお問合せください。

 

・クラリベイト・アナリティクス ニュースリリース
https://clarivate.jp/news-releases/clarivate-analytics-releases-enhanced-2018-journal-citation-reports-highlighting-the-worlds-most-influential-journals

 

JSTOR:Text AnalyzerがSSP2018でPeople’s Choice Awardを受賞 Share (facebook)

 米国で開催された学術出版協会(Society for Scholarly Publishing: SSP)の第40回年次大会にて,JSTORのText Analyzerについての講演がPeople’s Choice Awardを受賞しました。この賞は今大会からの初めての試みで,新しく注目に値する製品のプレゼンテーションを行うPreviews Sessionでの13講演の後に,聴講者が学術コミュニケーションに最も有益な影響力があると感じた製品やプラットフォーム,サービスに投票し,決定されました。
 JSTORの提供するText Analyzerはアップロードされた文書を解析し,関連するJSTOR内のコンテンツを表示します。アップロードされた文書は蓄積されず,用語の追加や削除,または優先順位を変えることで検索結果をユーザーが調整することができます。Text Analyzerは日本語を始め15か国語に対応しています。なお,現在はベータ版としての提供です。
詳細については,弊社までお問い合わせください。

 

・JSTORホームページ
https://www.jstor.org/analyze/

Quertle来日セミナー Share (facebook)

 このたび,弊社取扱い商品,AIベースの文献検索データベース「Qinsight」の開発元であるQuertle社CEO Jeffrey D. Saffer 氏の来日に合わせ,下記の要領にてセミナーを開催する運びとなりました。

 

開催要項を以下の通りにご案内いたします。

 

▽ ▽ ▽ 開催要項 ▽ ▽ ▽

 日時:セミナー    2018年9月12日(水)14:00~17:00(Y205)※受付開始 13:30~
        情報交換会  2018年9月12日(水)17:15~19:00(Y204)
 会場:〒100-0006 東京都千代田区有楽町1丁目12-1 新有楽町ビル2階
    リファレンス 新有楽町ビル貸会議室(Y205)
    http://tokyo.re-rental.com/yurakucho/

 概要:
 ・講演:Quertle社 President & CEO Chairman, Jeffrey D. Saffer 氏
 ・導入事例:帝京大学 医学総合図書館 小川弓子 氏
 ・製品のご紹介

 

 セミナーではSaffer 氏の講演のほか,Qinsightの国内初の導入校である帝京大学 小川様より,帝京大学での導入事例についてご発表いただきます。

 

またセミナー後には同会場にて情報交換会(参加無料)を予定しております。

 

参加をご希望の方は,下記URLよりお申し込み下さい。
URL:http://www.usaco.co.jp/Usaco_seminar_201809.html

 

ご多用中とは存じますが,多くのお客様の参加をお待ち申し上げております。

 

JoVE:JoVE紹介ビデオ(日本語版)公開のご案内 Share (facebook)

 このたび,Journal of Visualized Experiments社作成のJoVE紹介ビデオ(日本語版)がYouTubeにて公開されました。この機会にぜひご覧ください。
 2018年7月現在,JoVE Journalは全13の分野別セクションに全部で約8,900本のビデオ論文を収録されており,セクション数は13となっしています。また,Science Educationは現在までに8シリーズ刊行されています。

 

JoVE紹介ビデオ(日本語版)のページ
https://www.youtube.com/watch?v=vSxkJLC4hgE&feature=youtu.be

 

JoVEホームページ
http://www.jove.com/

 

弊社JoVE紹介ページ
http://www.usaco.co.jp/itemview/template44_1_673.html

 

BioOne:Google Scholar のCASAに対応 Share (facebook)

 生物(生命)科学,生態学,環境科学系の電子ジャーナルを提供するBioOneは,2018年7月6日よりGoogle ScholarのCampus Activated Subscriber Access (CASA)に対応したことを発表しました。

 

 CASAは契約機関のネットワーク外からも購読しているコンテンツにアクセスできる機能です。契約機関のネットワーク内からアクセスすると,CASAが自動的にそのユーザーの所属を記録してトークンを作成し,その後30日間は契約機関のネットワーク外からもアクセスできます。

 

 2018年6月にリリースされたJournal Citation Reports(JCR)2018年版には,BioOneの収録誌207タイトル中,157タイトル(76%)が収録されました。BioOneは,鳥類学,昆虫学,生物多様性保存,古生物学,動物学,生態学,植物科学など,幅広い分野の高品質なジャーナルが収録されたコレクションです。

 

 現在,1ヶ月間の無料トライアルを受付中ですので、是非ご利用ください。

 

 詳細は弊社までお問合せください。

 

・BioOne News Volume 12.2 July 2018
http://www.bioonepublishing.org/wp-content/uploads/2018/07/2018_JulyNewsletter_Final.pdf

 

・BioOne: 収録論文が150万ページを突破(ユサコニュース 2018年6月)
https://www.usaco.co.jp/u_news/detail.html?itemid=194&dispmid=605&TabModule439=2

 

展示・セミナーのご案内 Share (facebook)
日時 展示・セミナー名 会場
2018年8月3日(金)~8月4日(土)

第50回日本医学教育学会大会

東京医科歯科大学
2018年8月4日(土)~8月5日(日)

第35回医学情報サービス研究大会

国立オリンピック記念青少年総合センター センター棟 102室
2018年8月23日(木)

日本薬学図書館協議会平成30年度研究集会

就実大学・就実短期大学 S館1階 S-コモンズ
2018年9月4日(火)

日本医学図書館協会・日本薬学図書館協議会向け コンソーシアム説明会

東京説明会(全水道会館)
2018年9月13日(木)

日本医学図書館協会・日本薬学図書館協議会向け コンソーシアム説明会

京都説明会(京都テルサ)

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