2019年11月8日現在、macOS 10.15 Catalina で EndNote X9.3.1、X9.3.2 を利用時にライブラリをパッケージとして保存（.enlp）できない不具合が確認されています。
■パッケージ保存について
EndNote は Macintosh版でのみ、
ライブラリ保存時に [Save as Package] 欄にチェックを入れた状態で保存すると、
正常な状態であれば [ライブラリ名].enlp という単一のファイルでライブラリを保存することが可能です。
※チェックを入れないで保存すると、[ライブラリ名].enl ファイルと [ライブラリ名].Data フォルダのペアで保存されます。
現在は [Save as Package] にチェックマークを入れた状態でライブラリを作成すると [ライブラリ名].enl ファイルのみが作成されます。本来パッケージ保存した際に表記される拡張子（.enlp）になりません。
本不具合は EndNote の開発元に報告し、対応を依頼している状況です。問題が解決されましたら再度こちらでご案内いたします。
現在確認できている限りでは、本不具合は EndNote X9.3.1、X9.3.2 と macOS 10.15 Catalina の組み合わせでのみ発生するようです。
対象のご利用者様にはご不便をおかけし大変恐れ入りますが、当面ライブラリを保存する際には [Save as Package] にチェックを入れずに作成していただきますようお願いいたします。
【[Save as Package] にチェックを入れてライブラリを保存してしまった場合の対応方法】
上記環境でパッケージ保存時に作成される単一の
[ライブラリ名].enl
ファイルは、本来のパッケージ保存のデータと同様のデータであることが確認できています。つきましては、ファイル名の拡張子を手動で .enlp
に変更すれば、当該ライブラリを開くことができるようになります。
例：
My EndNote Library.enl
↓
My EndNote Library.enlp
※拡張子を変更しようとすると、OS が本当に変更してよいのか聞いてきます。[".enlp"を使用] を選択し、変更を確定してください。
※本対応はライブラリ保存時に [Save as package] にチェックを入れていた場合のみ可能です。チェックを入れずに保存した際に作成される [ライブラリ名].enl ファイルの拡張子に変更を加えるとライブラリを開くことができなくなるのでご注意ください。
以上